ศาสตราจารย์ ดร. เภสัชกร พรศักดิ์ ศรีอมรศักดิ์ จบการศึกษาระดับมัธยมศึกษาจากโรงเรียนกระทุ่มแบน “วิเศษสมุทคุณ” จังหวัดสมุทรสาคร จบการศึกษาระดับปริญญาตรี (เกียรตินิยม) และปริญญาโท จากคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ในปี พ.ศ. 2537 และ 2539 ตามลำดับ และเข้ารับราชการเป็นอาจารย์อยู่ที่คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร ได้รับทุนจากรัฐบาลประเทศออสเตรเลีย (International Postgraduate Research Scholarship) และจากมหาวิทยาลัย Charles Sturt (Charles Sturt University Postgraduate Research Scholarship) ในปี พ.ศ. 2542 เพื่อเข้าศึกษาต่อระดับปริญญาเอกที่มหาวิทยาลัย Charles Sturt ประเทศออสเตรเลีย และสำเร็จการศึกษากลับมารับราชการอยู่ที่เดิม เมื่อปี พ.ศ. 2545 ในปี พ.ศ. 2550 ได้สำเร็จการศึกษาปริญญาตรี จากมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ในสาขาเกษตรศาสตร์ (การจัดการการผลิตสัตว์)

ปัจจุบันดำรงตำแหน่ง ศาสตราจารย์ได้รับเงินประจำตำแหน่งสูงขึ้น (ศาสตราจารย์ระดับ 11 เดิม) สาขาวิชาเภสัชศาสตร์ ประจำภาควิชาเทคโนโลยีเภสัชกรรม คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร

เข้ารับราชการในคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากรเมื่อปี พ.ศ. 2539 และเข้ารับการฝึกอบรมต่างๆ โดยได้รับประกาศนียบัตร/เกียรติบัตร/วุฒิบัตร จากการเข้ารับการฝึกอบรมฯ อาทิ

• ประกาศนียบัตรหลักสูตรการฝึกอบรมความรู้ทางรัฐศาสตร์เรื่อง Bench-marking ในการบริหารองค์กร รุ่นที่ 4 โดยมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ (21 สิงหาคม 2548)
• วุฒิบัตรหลักสูตรผู้ประเมินคุณภาพการศึกษาภายใน หลักสูตร 2 โดยสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา และคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร (8-10 ตุลาคม 2555)
• วุฒิบัตรการอบรมเชิงปฏิบัติการเรื่องการบริหารความเสี่ยงด้านคุณภาพ รุ่นที่ 1 โดยสมาคมเภสัชกรการอุตสาหกรรม (ประเทศไทย) (31 พฤษภาคม - 1 มิถุนายน 2556)
• ประกาศนียบัตรการฝึกอบรมจริยธรรมการวิจัยในคน โดยชมรมจริยธรรมการวิจัยในคนในประเทศไทย และคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร (18 มิถุนายน 2558)
• เกียรติบัตรสำเร็จหลักสูตรธรรมาภิบาลเพื่อการพัฒนาคณะ สำหรับคณะกรรมการคณะ รุ่นที่ 11 โดยสถาบันคลังสมองของชาติ (17-20 สิงหาคม 2558)
• ประกาศนียบัตรหลักสูตรผู้ขอรับใบอนุญาตใช้สัตว์เพื่องานทางวิทยาศาสตร์ ครั้งที่ 16 โดยสถาบันพัฒนาการดำเนินการต่อสัตว์เพื่องานทางวิทยาศาสตร์ สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ (18-19 พฤษภาคม 2559)
• เกียรติบัตรสำเร็จหลักสูตรการประเมินผลกระทบจากงานวิจัยรุ่นที่ 1 โดยสถาบันคลังสมองของชาติ (26-27 พฤษภาคม 2559)
• วุฒิบัตรโครงการฝึกอบรมหลักสูตรนักบริหารมหาวิทยาลัยระดับสูง โดยมหาวิทยาลัยศิลปากร (18 มกราคม - 17 กรกฎาคม 2561)

เคยได้รับเชิญเป็นนักวิจัยรับเชิญหรือนักวิจัยอาคันตุกะในมหาวิทยาลัยต่างๆ ได้แก่

• Visiting Scientist, Department of Pharmacy, University of Sydney, Australia (2538)
• Visiting Researcher, Department of Pharmaceutical Technology, Chiba University, Japan (2540)
• Visiting Researcher, School of Biomedical Sciences, Charles Sturt University, Australia (2541)  
• Visiting Researcher, Department of Pharmaceutical Engineering, University of Applied Sciences Berlin, Germany (2553)   

และเคยเดินทางไปศึกษาดูงานในมหาวิทยาลัยต่างๆ ในหลายภูมิภาค อาทิ

• ศึกษาดูงานมหาวิทยาลัยในประเทศสาธารณรัฐฝรั่งเศสและสหพันธ์สาธารณรัฐเยอรมนี อาทิ Universite Rene Descartes - Paris V, Universite Paris-Sud 11, Technische Universität Berlin, Beuth Hochschule für Technik Berlin, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Max-Planck-Institute for Colloids and Interface, Hochschule für Technik und Wirtschaft Berlin (2553)      
• ศึกษาดูงานมหาวิทยาลัยในกลุ่มประเทศอาเซียน อาทิ University of Pharmacy Mandalay, University of Pharmacy Yangon, Universiti Teknologi MARA, Monash University Malaysia, National University of Singapore (2557)      
• ศึกษาดูงานมหาวิทยาลัยชั้นนำในประเทศสหรัฐอเมริกา อาทิ Johns Hopkins University, Massachusetts Institute of Technology (MIT), Harvard University, University of Pennsylvania, New York University (2560)  
• ศึกษาดูงานด้านการจัดการศึกษาและวิจัยในประเทศสาธารณรัฐจีน (ไต้หวัน) อาทิ National Taiwan Normal University, National Chung Cheng University, National Cheng Kung University, National Kaohsiung Normal University, Songshan Culture and Creative Park (2561        )
• ศึกษาดูงานด้านการจัดการศึกษาและนวัตกรรมในสหราชอาณาจักร อาทิ University of Cambridge, University of Leeds, Higher Education Academy, Heriot-Watt University (2561)